W 1588 powrócił do Rzymu, gdzie po 1590 realizował liczne zlecenia (m.in. płótno Aniołowie oddający cześć Trójcy Świętej 1592   Il Gesu, Rzym). Z. zajmował się także działalnością budowlaną i arch.: 1593-1603 przebudował i dekorował wnętrza w Palazzo Zuccari w Rzymie (m.in. Apoteoza rodziny Zuccari). Był zaprzyjaźniony z wybitnymi architektami, A. Palladiem i G.B. Vignolą. W 1593-94 pełnił funkcję principe w Akad. Św. Łukasza w Rzymie. Autor dzieła L’idea de’ pittori, scultori, e architetti (1607). Zajmował się również poezją i filozofią (pozostawał w filoz. tradycji florenckiego neoplatonizmu quattrocenta, jednocześnie w teorii sztuki wyrażał myśl arystotelesowską i teol.-scholastyczną). Dzieła Z. o stylistyce ewoluującej od manieryzmu do baroku, wywarły znaczny wpływ na malarstwo środkowo- i północnowł., także niemieckie.